由於纖維肌痛綜合征的病因不明，因此對它的治療方法不多；目前的治療主要是改善睡眠狀態，減低痛覺感受器的敏感性，改善肌肉血流等。治療方面最重要的一點是給病人解釋。首先，病人應清楚地知道纖維肌痛綜合征並不會造成殘疾，更不會危及生命，預後良好，從而得到莫大的安慰，以解除病人的焦慮和抑郁。有精神或情緒創傷誘因的應予以排解。這就是說，精神治療是比藥物治療更重要的一個方面。病人應努力改善睡眠，以積極的態度配合治療；平時應注意保暖，避免寒冷與潮濕；適當地進行體育鍛煉，以增強體質。
在藥物治療方面，目前較理想的藥物為：
阿米替林10毫克，可根據情況，緩慢增至20—30毫克，或胺苯環庚烯(舒絡平)10—40毫克，均為睡前一次服。它們具有抗抑郁、解除肌痙攣達到改善睡眠等作用。其副作用有口於、咽痛、便秘。由於應用劑量較小，病人大多可以耐受。
另外，氯唑沙宗能減輕肌疼痛與全身僵硬感，每次0．2克，每日3次。
針灸、按摩、交感神經阻斷、痛點封閉等也可試用。
