骨囊腫的鑒別診斷：
1.動脈瘤樣骨囊腫兩者在臨床、X線上都有相似之處，但動脈瘤樣骨囊腫多為偏心性、具有中等度侵蝕性，且常可穿破骨皮質包殼、其邊緣輪廓模糊不清，呈蟲蛀狀，其骨皮質常膨脹如氣球狀，可穿刺出新鮮血液，穿刺時常有血液搏動感。而骨囊腫則為黃色或褐色液體。
2.骨巨細胞瘤多見於20歲以上的成年患者，好發於股骨的遠端及胫骨近端，病變呈多房狀或泡沫狀，具有高度偏心性和膨脹性，有一定的侵蝕性，可穿透骨皮質累及骨骺等特點。但股骨上端的骨巨細胞瘤與骨囊腫有時仍難以鑒別。
3.單發的骨纖維異樣增殖症兩者有時在臨床及X線表現上極相似，特別是纖維異樣增殖症又無毛玻璃狀表現或絲瓜瓤狀改變而只呈囊狀膨脹改變時，很難鑒別，只是纖維異樣增殖症病變范圍較廣泛，不一定呈中心性生長，除骨端外，常侵及干骺端及骨干。
4.孤立性骨嗜酸性肉芽腫該病病損范圍常較小，可發生於骨的任何部位，但以骨干部為多，常伴明顯的疼痛，白細胞計數和嗜酸粒細胞計數均可增高，X線影像其病損邊緣不如骨囊腫清晰，且多有骨膜反應。
5.非骨化性纖維瘤多呈偏心性，距離骺板常有一定距離，病變范圍較小。
