由於幼年特發性關節炎缺乏特異性的症狀或生化指標，在診斷時需與下列幾類疾病鑒別。
1.感染性疾病：包括各種病原體的感染。病毒感染特別是疱疹病毒、巨細胞包涵體病毒、微小病毒B19等的感染；典型的細菌感染包括膿毒血症；肺炎支原體、肺炎衣原體等非典型病原體的感染；以及結核、真菌感染、Q熱、貓抓熱等。
2.惡性腫瘤：包括兒童多見的白血病、淋巴瘤、神經母細胞瘤等，還有一些產生細胞因子的腫瘤，建議對所有疑診全身型幼年特發性關節炎的病例常規行外周血塗片、骨穿，必要時行淋巴結等組織活檢，特別是對於病史相對較短(一般6個月以內)的患兒，當然目前一些影像學檢查如同位素骨掃描以及磁共振彌散加權成像等也有助於除外腫瘤性疾病。
3.自身炎症性疾病：包括家族性地中海熱、腫瘤壞死因子受體相關周期熱綜合征、嬰兒慢性神經皮膚關節綜合征/新生兒起病的多系統炎症性疾病、幼年結節病以及炎症性腸病等。
4.其他風濕性疾病：風濕熱、系統性紅斑狼瘡、川崎病、幼年皮肌炎、白塞病、各種血管炎等。
