腰椎間盤突出症需與下面的幾個疾病進行鑒別診斷：
（一）腰椎後關節紊亂 相鄰椎體的上下關節突構成腰椎後關節，為滑膜關節，有神經分布。當後關節上、下關節突的關系不正常時，急性期可因滑膜嵌頓產生疼痛，慢性病例可產生後關節創傷性關節炎，出現腰痛。此種疼痛多發生於棘突旁1.5厘米處，可有向同側臀部或大腿後的放射痛，易與腰椎間盤突出症相混。該病的放射痛一般不超過膝關節，且不伴有感覺、肌力減退及反射消失等神經根受損之體征。對鑒別困難的病例，可在病變的小關節突附近注射2%普魯卡因5毫升，如症狀消失，則可排除腰椎間盤突出症。
（二）腰椎管狹窄症 間歇性跛行是最突出的症狀，患者自訴步行一段距離後，下肢酸困、麻木、無力，必須蹲下休息後方能繼續行走。騎自行車可無症狀。患者主訴多而體征少，也是重要特點。少數患者有根性神經損傷的表現。嚴重的中央型狹窄可出現大小便失禁，脊髓碘油造影和CT掃描等特殊檢查可進一步確診。
（三）腰椎結核 早期局限性腰椎結核可刺激鄰近的神經根，造成腰痛及下肢放射痛。腰椎結核有結核病的全身反應，腰痛較劇，X線片上可見椎體或椎弓根的破壞。CT掃描對X線片不能顯示的椎體早期局限性結核病灶有獨特作用。
（四）椎體轉移瘤 疼痛加劇，夜間加重，患者體質衰弱，可查到原發腫瘤。X線平片可見椎體溶骨性破壞。
（五）脊膜瘤及馬尾神經瘤 為慢性進行性疾患，無間歇好轉或自愈現象，常有大小便失禁。腦脊液蛋白增高，奎氏試驗顯示梗阻。脊髓造影檢查可明確診斷。
