藥物治療對不同患者藥物選擇應個別化，根據患者對藥物的敏感性及是否合並全身性疾病選擇用藥。骨關節炎患者疼痛的原因很多，但大部分原因不是炎症，或者只是輕度的炎症，大多數情況下可用鎮痛劑治療，醋氨酚(撲熱息痛)是較佳選擇。醋氨酚雖無明顯的抗炎作用，但有良好的鎮痛和解熱作用。經濟、有效、副作用少。
如果對鎮痛劑治療反應不佳，可選用非甾體抗炎藥如布洛芬、雙氯芬酸類藥物，尤其當關節有炎症表現時，如長時間僵硬、腫脹、局部發熱者。疼痛本身是機體的一種保護性反應，它的存在可以提醒骨關節炎患者自己減輕受累關節負荷，避免過度使用。如果過度使用緩解症狀藥，忘卻了自己的關節正在患病而照常從事過多負荷的活動，不免會加重受累關節損傷。因此，為了保護受累關節，要適當使用鎮痛藥。通常僅應在休息時或日常活動時出現疼痛時使用消炎鎮痛藥。
軟骨保護性藥物，目前主要有兩種，即硫酸軟骨素、硫酸氨基葡萄糖，這兩種藥物主要是改善關節的結構，從而改善骨關節病患者的症狀。
