骨樣骨瘤有特殊的疼痛症狀和典型的瘤巢X線景象，較易診斷。但仍需與以下骨、病鑒別。
(一)慢性骨膿腫：為低度慢性化膿性感染，具有紅、腫、熱、痛等炎性症狀，且有反復發作病史，好發於長骨干骺端，破壞區較大，骨皮質局限破壞，周圍致密，有時有小死骨，但無瘤巢。
(二)慢性硬化性骨髓炎(Garre型)：疼痛性質與骨樣骨瘤不同，常為間歇性，骨干皮質廣泛增生，對稱性。一般無膿腫及死骨，無痛巢，髓腔可閉塞。
(三)成骨細胞瘤：二者同屬良性或骨細胞性腫瘤。成骨細胞瘤無骨樣骨瘤特有夜間疼痛，但發展較快，破壞區較大，常>2cm。皮質膨脹明顯，周圍硬化輕微。
(四)單發性內生骨疣：無周圍骨質硬化，無疼痛。多發於手足小骨。
(五)動脈瘤樣骨囊腫：多位長骨干骺端及脊椎骨附件(椎弓根、橫突或棘突)。大小不一，薄殼間軟組織膨出，與周圍骨質分界清晰。發生在骨內為中心型，在骨外分偏心型和骨旁型。
(六)內生骨疣(Enostosis)：亦稱骨斑(Bovespot)或骨島(Boneisland)，為松質骨內骨發育異常，呈骨島狀，一般無症狀，無需治療。
