長期的觀察會發現部份生長緩慢無痛的動脈瘤樣骨囊腫同時有自行消退的表現。選擇性營養靜脈的檢查切除和溶栓藥物經皮局部溶栓都是較新的治療方法。經皮腔內早基丙烯酸樹脂注射用於頸椎體的動脈瘤樣骨囊腫治療，有成功病例報告。
若椎體出現病理性骨折成角畸形，或有神經脊髓受壓症狀，宜行椎體次全切除減壓並植骨融合，以維持脊柱的穩定性。
一般良好手術治療包括刮除植骨局部大塊切除(蝶形手術)段截甚至截肢等方法。
單純刮除植骨復發率較高(20%～60%)個別病例可多次復發。局部大塊切除或段截方法，操作和術後處理比較復雜術後需要骨移植，這種方法治療比較徹底，復發率很低Biesecker報道8例William(1986)報道6例均無復發為了減少出血，可在術中應用止血帶或暫時阻斷大的供應動脈。對脊柱骨盆及股骨近端的病變應用選擇性血管栓塞可達到較好的效果。
這種方法用於術前以減少術中出血亦可為單獨的治療方法。
