髓核化學溶解療法治療腰椎間盤突出症取得一定療效的同時，也產生了一些並發症，其並發症的發生率據統計為2%～3%左右。
(1)過敏反應。過敏反應是此療法最重的並發症，多發生於女性。過敏的第一個表現就是毛發運動反應，其它症狀還有頭暈、惡心、皮疹等。嚴重者出現支氣管痙攣、低血壓等。出現過敏反應時，應即刻靜脈輸入1：10000腎上腺素0.05～0.1m1。反應發作時抬高下肢，有利於下肢血液回流。術後可口服強的松10mg每日三次，共服四天。
(2)感染。可能發生化膿性椎間盤炎或無菌性椎間盤炎。前者可抗炎治療，後者則發生原因不明，表現為腰背痛和椎間隙變窄。
(3)燒灼樣神經痛。穿刺針損傷神經根和神經鞘膜，可能使藥液通過損傷部位滲入神經纖維，引起化學刺激。
(4)繼發性椎間孔或椎管狹窄。一些病人在治療後椎間隙明顯變窄，導致椎間孔變小壓迫神經根。由於椎間隙減小，硬膜外結締組織形成，可能引起局部椎管狹窄。所以，此種療法的遠期療效不如近期療效，一部分患者經治療後症狀緩解，但一段時間後會再次復發腰腿痛。
